از دوره‌های قدیم میان نظر و عمل تفاوت گذاشته‌اند. برای اینکه اندیشه‌ای به صورت نظریه‌ای قابل قبول در آید نیاز به روش دارد و برای اینکه یک اندیشه نظریه‌ای تبدیل به عمل شود نیاز به تکنیک دارد. در سطح روشی یک محقق نمی‌تواند هیچ متن مورد بررسی را بدون داشتن روش، تحلیل کند. روش منطق درونی، جهت‌گیری، شیوه استناد به واقعیت و در آوردن فرمول را عملیاتی می‌سازد. ایران در تاریخ معاصر خویش از دوران مشروطه تاکنون دارای دو حیطه فکری تا حدی مجزا از یکدیگر می‌باشد. البته بعد از انقلاب اسلامی تلاش‌های ارزشمندی شروع شد که ادامه دهنده بازگشت به خویشتن بازخوانی سنت، بومی‌سازی علوم، تلفیق علم قدیم و جدید و... بوده است.

1- حوزه: علوم سنتی ما به خصوص فقه، کلام، عرفان و حکمت در حوزه تدریس می‌شوند. از سوی دیگر سنت ادبی ما حامل میراث ملی ایرانشهری است. این دو حیطه قدرتمند اسلامی و ایرانی منبعی ارزشمند هستند که اکنون شیوه رفتار و سلوک ناخودآگاهی ایرانیان را شکل می‌دهند. فرهنگ ایرانی از این منابع سرچشمه می‌گیرد. حوزه برای بررسی سنت دینی و مذهبی و دانشگاه برای بررسی سنت ادبی هنوز قلمروی روش قابل مشخصی را پیاده نساخته‌اند. جز تفسیر و حاشیه‌نویسی بر بزرگان واهالی سنت که آنها نیز در قلمروی منطق متافیزیکی می‌نوشتند.روش اصلی حوزه استدلال‌های منطقی و قیاسی است که بسیار هنجاری و از پیش تعیین شده می‌باشد. بنابراین میراث اسلامی و ایرانی نیاز به روش‌های جدید بررسی و نقد درونی و بیرونی دارد که از یکسو دارای روش علمی و از سوی دیگر تکنیک عملیاتی گردد.

2- دانشگاه: نهاد نوپای بعد از مشروطه با تقلید و ترجمه آغاز شد اما کم کم با توجه به منطق بروکراتیک و روش های مکانیکی و تجربی به خاطر کارآمدی و هم‌نوایی با زبان علمی جهان زیست قابل ملاحظه‌ای پیدا کرد. روش علمی به شدت برونی و تجربی با تاکید بر واقعیات بود. دانشگاه سنت را جدی نگرفت و حتی آن را در حد پیش فرض و فرضیه‌‌های قابل بررسی نیز در خور توجه ندانست. تحقیقات بومی و روش‌های سنتی آکادمیک نیز سفارشی و از قبل مشخص بود و دارای منطق درونی و تکنیک اجرایی نبود. به لحاظ روشی دانشگاه با محوریت علوم سه گانه طبیعی پزشکی، مهندسی و انسانی جدای از میراث ایرانی و اسلامی حرکت کرد.

به نظر می‌رسد وحدت حوزه و دانشگاه به لحاظ روشی قابل بررسی است و تا این دو نهاد روش‌های انتقادی و تجدیدنظر بینانه‌ای دنبال نکنند امکان گفت‌وگو و فهم یکدیگر را پیدا نخواهند کرد. هر دو نهاد دارای ادبیات و مبانی کارآمدی هستند که برای سعادت و‌ آبادانی ایران قابل تامل هستند.http://www.mardomsalari.com/Template1/News.aspx?NID=154717