حکومت صفویه در ایران آغازگر دوران استقلال بود. هر چند بهای آن از طریق اقتدار متعصبانه‌ای بود که حکمرانان صفوی پیاده می‌ساختند. وحدت ملی، زبانی، مذهبی و سرزمینی در ایران شکل گرفت. حکمت شیعی و نزدیک شدن سیاست به دیانت باعث شد ایران در آستانه دوره جدید متولد شود. یکی از فیلسوفان بزرگ ایران ملاصدرا در دوره صفویه یعنی در زمان اوج قدرت این سلسله به خلق اندیشه می‌پردازد. هرچند قدرت و عصبیت قبیله‌ها در ایران جنگ، تعصب، ناامنی و استبداد را شکل داده است اما ساختار طبقاتی دهقانان، دبیران، تجار و شهرنشینان باعث می‌شد تمدن ایرانی اغلب روح قبیله‌ای را رام گرداند. ملاصدرا چندان با قدرت سیاسی رابطه دوستانه‌ای نداشت چراکه او به حکمت و عرفان گرایش داشت و سیستم سیاسی صفویه بیشتر جانبدار فقیهان و متکلمان بود. ملاصدرا نوعی گردآوری‌کننده آثار پیشینیان بود و توانست میان فقه شیعی، حکمت مشا و عرفان اشراقی تلفیق مناسبی انجام دهد. از درون این سه‌گانه، حکمت متعالیه متولد شده است. او همه دانش‌ها و روش‌های زمانه خود را جمع‌آوری و سیستمی بسیار منسجم از عقلانیت و شیوه‌های رسیدن به حقیقت را ترسیم کرد. این حکیم الهی آنقدر در ایران اثرگذار است که اغلب جریان‌های فکری و حتی عملی سیاست در ایران از صفویه تا دوره کنونی به لحاظ بنیادی یا به لحاظ مشروعیت منطقی وامدار ملاصدرا هستند.

ملاصدرا سیستم سیاسی و نظریه منسجمی در باب سیاست ندارد و اصلا علاقه‌ای به سیاست نداشت. او دغدغه علم و دانش و فهم حقیقت جهان را با استفاده از علم حصولی و به‌خصوص علم حضوری داشت. در منطق او، عقل، نقل و شهود سه راه کشف هستی به‌شمار می‌رفت و حکمت به معنای کشف جهانی بود که دیده نمی‌شد و علم واقعی آن بود که آن جهان ناملموس و معنوی را برای انسان‌ها چنان باورپذیر کند که جهان عینی را. بنابراین ملاصدرا در سامانه‌ای بسیار قدرتمند از متافیزیک الهیاتی قرار داشت؛ خداوندی که جهان را خلق کرده است و نظم و انضباط و قوانین حاکم بر آن را شکل داده است. خداوند انسان را خلق کرده و به انسان اختیار داده است براساس اصول و پیام‌هایی که فرستاده‌های خداوند برای او به ارمغان می‌آورند در راه رسیدن به سعادت زندگی کند. کار حکمت تدبیر برای رسیدن به سعادت انسان‌ها است و ملاصدرا سعی داشت این بعد زندگی بشر را با استفاده از چهار سفر معروف خود از انسان به خداوند نشان دهد. اصالت وجود ملاصدرا و استفاده او از عقل به همراه قبول کردن منطق شهود و نقل، او را به‌عنوان آخرین فیلسوف ایرانی مطرح ساخته است.

بعد از ملاصدرا شاگردان و متفکران سیاسی بر آثار او حاشیه نوشته‌اند و بسیاری از جریان‌های سیاسی از اندیشه او اثر گرفته‌اند.

هرچند ملاصدرا بحث مستقیم راجع به سیاست ندارد و اصل تدبیر دنیا و رسیدن به سعادت را در ارتباط با پیامبر(ص)، مجتهدان و عالمان دین مطرح می‌کند که به‌گونه‌ای ادامه راه فارابی است. تنها در دوره مشروطه است که با توجه به اصول تحصل‌گرایی و علمی یعنی تقدم به علم حصولی، ملاصدرا به حاشیه کشیده می‌شود و حتی افکار او به‌عنوان اندیشه‌هایی قدیمی، اسطوره‌ای و ایدئولوژیک مورد انتقاد قرار می‌گیرد. بنابراین ملاصدرا متفکر و اندیشمند منسجم سیاسی نیست بلکه دغدغه او متافیزیک و علوم الهیات است اما در پرتوی آن زمانی که به مقوله سیاست می‌رسد آن را ابزار قدرت و انسان‌ها می‌پندارند و اصولا علم سیاست را موضوعی مجزا قلمداد نمی‌کنند.

در مشروطه با توجه به انسان‌محوری، اصالت علم حصولی، اختیارگرایی و سایر مفاهیم دنیوی ملاصدرا کنار گذاشته می‌شود. اما دوباره در انقلاب اسلامی ایران ملاصدرا می‌درخشد و آثار و تفسیرهای مربوط به او احیا می‌شود. در این دوره حکمت متعالیه به حکومت صالحان، ولایت فقیه، مدینه فاضله، آرمان‌گرایی شیعی، عرفان ایرانی - اسلامی و... نسبت داده می‌شود. مبنای فکری ایران راجع به اینکه قدرت چیست و چگونه باید ساماندهی شود، به لحاظ کلی به اندیشه ملاصدرا نزدیک است.

با تاکید بر اندیشه سیاسی ملاصدرا چند نکته بسیار جدی را باید در نظر گرفت:

اول اینکه ملاصدرا در تفکرات خود از فیزیک و تکنولوژی‌های قدیم و جدید برید و همین عامل باعث شد همیشه در منطق قیاسی خود زندگی کند. درست زمان زیست ملاصدرا در دوره صفویه در آن سوی دنیا یعنی ایتالیا، نیکولو ماکیاولی در حال طراحی سیستم و اندیشه سیاسی است. مقایسه این دو متفکر به راحتی تفاوت‌های اندیشه سیاسی ایران و جهان را نشان می‌دهد.

دوم اینکه ملاصدرا حکیمی فقیه و عارف بود و بر این اساس باید گفت زمانی که او دایره اعتراض و به چالش کشیدن و نقد قدرت را محدود می‌کند، طبیعی است که اقتدارگرایی بیشتر توجیه می‌شود. ملاصدرا در مبانی و کلیات کارهای قابل ستایشی انجام داده است اما نمی‌توان از همان آثار که تا حدی ناخودآگاه ذهن ایرانی نیز محسوب می‌شود، به راحتی به سمت تکنیک‌های جدید سیاست حرکت کرد.

و در نهایت ملاصدرا دغدغه سیاست نداشت، انسانی وارسته و علمی بود. اما دایره واژگانی و روش‌ها و حتی موضوعات علمی در ایران بسیار اندک بود به نحوی که او نیز در دایره استبداد افتاد و نتوانست متفکران اصیل و بومی ایران‌زمین را تشویق به تولید فکر و اندیشه کند. ملاصدرا مبنایی را ایجاد کرد که به راحتی می‌توان آن را در عمل و نظر ایرانی مشاهده کرد.